Seehofer ist 2015 noch Ministerpräsident Bayerns. Unter Druck gesetzt von den innerparteilichen Machtkämpfen, die sein damaliger Staatsminister Markus Söder anzettelt, verlässt Seehofer zunehmend den Hand-in-Hand-Kurs mit Angela Merkel und der CDU und verlangt unter anderem eine Obergrenze für Flüchtlinge und stärkere Kontrollen an den deutschen Grenzen. Druck bekommt er auch von den südosteuropäischen Ministerpräsidenten, die beklagen, dass der Zustrom durch die deutsche Willkommenspolitik zu stark gefördert werde. Durch seine starke Kritik an Regierung und Kanzlerin wirkt die Union zunehmend gespalten und Bayern isoliert von den übrigen Bundesländern. Infolgedessen erhält die CSU nach den Wahlen 2017 in der neuen Großen Koalition das Bundesinnen- und heimatministerium, dessen Führung Seehofer übernimmt. Auch in diesem Amt steht er für eine strengere Flüchtlingspolitik und heimst für viele Äußerungen und Ansichten starke Kritik ein.