Es gibt mehrere Kontroversen, die Steinmeier begleiten. An erster Stelle steht der Fall von Murat Kurnaz. Der Bremer ist von 2002 bis 2006 unschuldig in Guantanamo inhaftiert. Steinmeier wird vorgeworfen, eine Überstellung nach Deutschland im Jahr 2002 nicht angenommen zu haben. Er musste daraufhin vor den BND-Untersuchungsausschuss.